Syaikhona Muhammad Kholil Bangkalan menjadi titik sentral penempaan dan pembibitan para calon pejuang dan pahlawan. Santri-santri binaannya hampir semua menjadi pejuang dan gigih memperjuangan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI). Beberapa diantaranya yang dinobatkan sebagai pejuang dan pahlawan nasional adalah Hadratussyekh KH M Hasyim Asy’ari, KH Abdul Wahab Chasbullah, dan KH R As’ad Syamsul Arifin.
Berdasarkan penelitiannya Muhaimin selaku Ketua Tim Peneliti Gelar Pahlawan Syaikhona Kholil, Mbah Kholil lahir pada hari Rabu Malam Kamis tanggal 09 Shafar 1252 H/ Rabu 25 Mei 1835, di Kramat Bangkalan. Ayahnya KH Abdul Latif dan Ny Siti Khadijah. Beliau berasal dari keluarga ulama, nasabnya bersambung hingga Sayyid Sulaiman, cucu Sunan Gunung Jati.
Gagasan dan pemikiran Mbah Kholil tentang kebangsaan yang ditemukan tim antara lain: penguatan pendidikan, ide Hubbul Wathan sebagai spirit jejaring, penanaman nilai bela negara sehingga memerintahkan santri kembali ke medan perjuangan tanah air, dan gagasan tentang pertautan pergerakan fisik dan spiritual secara bersamaan.
Dalam manuskrip kitab Kiai Qusyairi, dari pengakuannya tentang kealiman, kewibawaan, kebesaran Mbah Kholil menyamai Imam Sibawih dalam ilmu Nahwu, Imam Nawawi dalam ilmu Fiqih dan Syaikh Abdul Qadir al-Jailani dalam karomah, linuwih, dan kemampuan supranatural.
Mbah Kholil memiliki jejaring dan simpul Islam Nusantara yang pada akhirnya menjadi muara di tanah Jawa dan se-Nusantara. Geneologi intelektualnya saling berhubung dan bersambung menjadi kapital besar dalam pembangunan peradaban, termasuk perlawanan kultural kaum santri pada penjajah.
Sedangkan di dalam manuskrip Syaikh Yash Isa Al-Padangi tentang episentrum, Mbah Kholil sebagai ulama Jawa, Indonesia, bahkan juga ulama dunia. Bahkan di manuskrip Mbah Soleh Lateng tentang pengakuan ulama Arab terkait kealiman Mbah Kholil.
Manuskrip Kiai Ahmad Qusyairi dari Jember tentang Mbah Kholil menegaskan bahwa santri-santri dari Madura, Jawa, Sunda, dan Melayu yang mumpuni untuk mendirikan pesantren, semua nyantri (mondok) kepada Mbah Kholil. Maksudnya, mereka harus menuntaskan pengembaraan ilmiah dengan belajar pada Syaikhona Kholil.
Banyak sejarawan mengungkapkan keberadaan Mbah Kholil sebagai puncak tujuan pengembaraan ilmiah di tanah Jawa. Seperti dalam catatan Snouck Hurgronje tentang temuannya mengenai ajaran Ngetan dan Masantren di kalangan masyarakat Sunda. Catatan yang sama disampaikan oleh seorang peneliti dari Jepang, Hiroko Horikoshi saat melakukan penelitian di Garut 1972-1973 yang bermuara kepada Mbah Kholil. Dalam manuskrip Habib Salim bin Jindan juga menjelaskan tentang otoritas kealiman Mbah Kholil.
Dari hasil penelitian Muhaimin menegaskan, estafet kepemimpinan gerakan nasionalisme pesantren bermula Syaikh Nawawi Al-Bantani, kemudian dilanjutkan oleh Mbah Kholil, yang pada akhirnya menggelorakan semangat nasionalisme melalui mimbar-mimbar pengajian. Terbukti dalam manuskripnya memiliki catatan kaki yang terdapat tulisan hubbul wathan minal iman yang tertulis 1891.
Ini bukti penanaman cinta tanah air sehingga menjadi pemantik nasionalisme santri. Mbah Kholil menjadi inisiator gerakan nasionalisme di kalangan ulama, santri. Menjadi pemantik bagi santri untuk berjuang melawan kolonialisme.
Pada tahun 1316 H/ 1899 M, ada manuskrip yang ditemukan, di mana Pemerintah Hindia Belanda berkirim surat ke Syaikhona Kholil. Di dalam lembaran surat ini, mbah Kholil menuliskan doa perampok yang harus dipotong tangan dan kakinya. Peneliti menginterpretasi dengan sikap Mbah Kholil kepada Belanda yang mengibaratkan sebagai pencuri atau perampok yang harus dipotong tangan dan kakinya.
Kiprah Syaikhona Kholil tercatat sebagai pemimpin ulama Nusantara. Pertama, ulama secara intensif berkumpul di Bangkalan periode 1920-1926. Kedua, bermusyawarah memecahkan persoalan umat dan kondisi sosial politik di Indonesia. Ketiga, terbentuknya Jam’iyah Nahdlatul Ulama (NU).
